Los almacenes del Museo acogen aquellas piezas de la colección Estable que no están expuestas en las Salas de Exposición Permanente del Museo, algo que, porcentualmente, supone aproximadamente el 80% del total de los fondos.
Las piezas almacenadas, cuya consulta por parte de los investigadores y previa petición formal a la Dirección del Centro está permitida, ocupan dos zonas independientes en el área de servicio del museo. Las piezas de gran formato, mármoles y mosaicos principalmente, se ubican en la planta semisótano, con entrada independiente desde el exterior. Las piezas de pequeño formato, dispuestas en estanterías y bateas, están próximas a los Servicios de Restauración y Documentación. Unas y otras están organizadas tipológicamente y, sólo en casos excepcionales, por yacimientos.