El origen de las colecciones del Museo Nacional de Arte Romano se sitúa en el siglo XVI cuando don Fernando de Vera y Vargas, señor de Don Tello y Sierra Brava comenzó a formar, en su palacio, una importante colección epigráfica. A partir de estas primeras colecciones y de otros hallazgos arqueológicos en la ciudad de Mérida, habidos entre los siglos XVI y XIX, se crea un primer museo en 1838, institución que radicaría en la iglesia del Convento de Santa Clara. Las siguientes excavaciones arqueológicas conllevarán al incremento de las colecciones del museo y desembocarán, finalmente, en la creación, en 1975, del Museo Nacional de Arte Romano.
En la actualidad las colecciones del museo recogen más de 37000 fondos. De ellos sobresalen los comprendidos en la sección de escultura, mosaicos y numismática. Asimismo existe una buena representación de objetos de cerámica y vidrio. El catálogo en línea del museo muestra, en una primera fase, más de 6000 piezas y 10500 imágenes. El museo se propone ampliar los fondos visibles incorporando, progresivamente, destacadas piezas del resto de sus colecciones.
DOMUS es un sistema integrado de documentación y gestión museográfica desarrollado por el Ministerio de Cultura (Subdirección General de Museos Estatales y Subdirección General de Tecnologías y Sistemas de la Información). Se trata de una aplicación informática para el catálogo y gestión de los bienes culturales custodiados por los museos.
La información de catálogo e imágenes digitales de las colecciones del museo se muestran al público a través de esta página web, y forman parte ya de la Red Digital de Colecciones de Museos de España.

